Климат Сан-Томе и Принсипи экваториальный морской, жаркий и влажный.
Средняя температура января на побережье +26 C, июля +23 C, годовое количество осадков — 1000–1100 мм., в горах — до 3000 мм. Дожди идут почти круглый год, но на острове Сан-Томе, где из-за особенностей рельефа сформировалось несколько локальных зон с собственным микроклиматом, бывает короткий относительно сухой период с июня по сентябрь. Наиболее влажный месяц - март, когда дождь идет по 8-12 часов в сутки, а температура около 30 C.